İstanbul’un Küçük Ayasofya semtindeki cami, Bizans İmparatoru I. Jüstinyen ve karısı Theodora tarafından 527-536 yılları arasında yaptırılıyor.

Aya Sergios ve Bachos Kilisesi adıyla yaptırılan kilise, 1497’de Sultan II. Beyazıt Topkapı Sarayı Darüssaade ağası Hüseyin Ağa döneminde ise, camiye çevriliyor.
Küçük Ayasofya’nın temelinde 3 metreye 1,8 metrelik blok taşlar kullanılıyor. Pleksi glass cam ile korunan bu alandan yapının temelleri görülebiliyor.
Cami, 8 köşeli ana kubbesi ile İstanbul’un bilinen en eski Bizans Dönemi yapısı. Duvar örgüsü taş ve tuğladan oluşan, kare plan üzerine bina edilen cami; 1648 ve 1763 yılları arasında gerçekleşen depremlerde zarar görünce1831 yılında elden geçiriliyor.
1860 yılında yapının yakınından geçen demir yolu hattı da yapıya büyük ölçüde hasar veriyor. Caminin barok üslupta inşa edilmiş eski minaresinin 18 yy.ın ikinci yarısından sonra inşa edildiği düşünülüyor.
Bu minare 1936 yılında bilinmeyen bir nedenle yıktırılıyor ve uzun bir süre bu şekilde kaldıktan sonra 1955 yılında caminin bugünkü minaresi yapılıyor.